Jako proces oparty na wodzie, anodowanie nie wykorzystuje lotnych związków organicznych - nie ma rozpuszczalników samochodowych, żywic nośnikowych, a wszelkie pigmenty stosowane w anodowaniu są tworzone przez bardzo małe ilości metali lub barwników bezpiecznie zamkniętych w twardej powierzchni. W procesie anodowania nie stosuje się chlorowcowanych węglowodorów ani podobnych toksycznych substancji organicznych.

Podobna neutralizacja redukuje większość anodujących chemikaliów do zwykłych rozpuszczonych minerałów. Większość anodowania jest wykonywana bez generowania niebezpiecznych odpadów, a w wielu przypadkach bogate w aluminium odpady anodowania są cenne dla środowiska w usuwaniu zanieczyszczeń i osadzaniu ciał stałych w domowych procesach oczyszczania ścieków.